آنالیز بیان ژن داده های ماکرواری بیماری لوکمیا با برنامه david

Authors

حکیمه زالی

h zali راضیه امینی

r amini رضا شیری هریس

r shiri haris

abstract

چکیده مقدمه: سرطان خون یا لوکمیا بیماری پیشرونده و بدخیم اعضای خون ساز بدن است. ناهنجاری های ژنتیکی نقش بسیار مهمی در رشد لوکمی در بدن دارد. مطالعات زیادی پیرامون کشف عوامل ملکولی درگیر در این بیماری صورت گرفته است یکی از حوضه های دانش جدید در کشف بیان ژن ها در حالت بیماری استفاده از تکنولوژی ماکرواری است که یک تصویر کلی از میزان بیان ژن را در سایز بزرگ ژنومی ارائه می کند. در واقع با بررسی تعداد زیادی ژن در کنار یکدیگر انتظار می رود تغییرات حاصل از بیماری را دقیق تر بتوان در علم بیولوژیک مورد بررسی قرار داد. در این مطالعه داده های حاصل از ماکرواری بیماری لوکمیا توسط برنامه david مورد آنالیز قرار می گیرد و هدف آن انجام آنالیز های عملکردی بر روی لیست های ژنومی و پروتئومی که داده های آن ها از مطالعات بیولوژیک با دستگاه های پیشرفته(high-throughput) حاصل می شود. مـــواد و روش هـــا: ســـت ژنـــی مـــاکــــــرواری لـــوکـــمـــیـــا از پـــایــــــگـــاه داده http://www.biomedcentral.com/content/supplementary/1471- به دست آمد و با تجزیه و تحلیل یافته ها با نرم افزارهای بیوانفورماتیکی(david)، ارتباطات بیان ژن در قالب کلاس های مختلف ژنی، چارت ها و خوشه بندی ژن ها مورد بررسی قرار گرفت. یافته های پژوهش: لیست ژن های شناسایی شده در میکرواری با برنامه david تهیه شد. از 615 ژن شناسایی شده ارتباط با کلاس بیماری های مختلـــف شناســـایی شد. بیشترین ژن های دخیل در بیماری در دسته ژن هایی هستند که در انواع سرطان ها دخالت دارند. 7/23 درصد ژن های شناسایی شده(146 ژن) در بیماری لوکمیا در دسته ژن های موجود در انواع سرطان ها هستند. از 615 ژن شناسایی شده 70 چارت مسیرهای بیولوژیکی(موجود در پایگاه داده kegg) مرتبط با بیماری شناسایی شد. از 615 ژن شناسایی شده 12 کلاستر بر اساس حاشیه نویسی عملکردی مرتبط با بیماری شناسایی شد. بحث و نتیجه گیری: نتایج نشان می دهد که برنامه آنالیز ژنوم davidقادر است کلاس های مهم ژنی و مسیرهای اصلی درگیر در بیماری را تعیین نماید و بهترین کاندیدا مارکر ژنی برای تشخیص بیماری، علت آن و درمان لوکمیا را معرفی نماید.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

آنالیز بیان ژن داده های ماکرواری بیماری لوکمیا با برنامه DAVID

چکیده مقدمه: سرطان خون یا لوکمیا بیماری پیشرونده و بدخیم اعضای خون ساز بدن است. ناهنجاری ‌های ژنتیکی نقش بسیار مهمی در رشد لوکمی در بدن دارد. مطالعات زیادی پیرامون کشف عوامل ملکولی درگیر در این بیماری صورت گرفته است یکی از حوضه های دانش جدید در کشف بیان ژن ها در حالت بیماری استفاده از تکنولوژی ماکرواری است که یک تصویر کلی از میزان بیان ژن را در سایز بزرگ ژنومی ارائه می کند. در واقع با بررسی ت...

full text

شبکه های بیان ژنی برای آنالیز داده ماکرواری DNA

بر خلاف دیدگاه تقلیل گرایانه بیولوژی کلاسیک ، رویکرد کل نگر در بیولوژی با انفجار در پیشرفت تکنیک هایی با تکنولوژی بالا و تولید حجم عظیم داده خود را نشان داده است . اکنون چالش بیولوژیست ها کشف روش های تحلیل این داده ها است تا بتوانند در رسیدن به درک سیستم پویای پیچیده حیات کمک کنند. در بین تکنولوژی های بسیار پیشرفته اخیر که بیشترعمومی هستند میکرواری DNA از مشهورترین آن ها است . میکرواری،سطوح بیا...

full text

شبکه های بیان ژنی برای آنالیز داده ماکرواری dna

بر خلاف دیدگاه تقلیل گرایانه بیولوژی کلاسیک ، رویکرد کل نگر در بیولوژی با انفجار در پیشرفت تکنیک هایی با تکنولوژی بالا و تولید حجم عظیم داده خود را نشان داده است . اکنون چالش بیولوژیست ها کشف روش های تحلیل این داده ها است تا بتوانند در رسیدن به درک سیستم پویای پیچیده حیات کمک کنند. در بین تکنولوژی های بسیار پیشرفته اخیر که بیشترعمومی هستند میکرواری dna از مشهورترین آن ها است . میکرواری،سطوح بیا...

full text

بررسی عملکرد مدل برنامه ریزی بیان ژن با روش های پیش‌پردازش داده ها جهت مدل سازی جریان رودخانه

سابقه و هدف: نیاز روزافزون به آب سبب گردیده است که برنامه‌ریزی‌های مدیریتی به‌منظور کنترل مصرف آب در آینده از اهمیت بیشتری برخوردار باشد. با پیش‌بینی جریان رودخانه‌ها علاوه بر مدیریت بهره‌برداری از منابع آب، می‌توان حوادث طبیعی نظیر سیل و خشکسالی را نیز پیش‌بینی و مهار نمود. به همین دلیل برآورد صحیح و دقیق جریان رودخانه با استفاده از مدل‌های مختلف یکی از موضوعاتی است که در منابع آب مورد بررسی پ...

full text

فراتحلیل (متا-آنالیز) داده‌های بیان ژن بافت پستان آلوده‌شده با باکتری اشریشیاکلی در گاوهای شیری

تشخیص ژن‌های درگیر در صفات پیچیده مانند حساسیت به بیماری نه تنها می‌تواند موجب بهبود تشخیص و پیشگیری از بیماری مورد نظر می‌شود، بلکه در انتخاب راه‌های درمانی کارآمد و همچنین در انتخاب دام‌های مقاوم به اصلاحگران کمک خواهد کرد. در این تحقیق با هدف بالا بردن توان تجزیۀ آماری در شناسایی ژن‌ها و مسیرهای زیستی (بیولوژیکی) درگیر در بیماری ورم پستان، از فراتحلیل به روش Fisherبرای یکی کردن p-value‌های ب...

full text

بیان افتراقی ژن گاوهای بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) با استفاده از داده های RNA-Seq

این پژوهش با هدف تعیین مقایسه افتراقی پروفایل بیان ژن در دو زیرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم نمونه­ای از هریک از جمعیت­های گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکان­یابی خوانش­های کوتاه mRNA تشکیل شد. این خوانش­ها قبلاً با استفاده از فناوری توالی­یابی نسل جدید به‌صورت داده­های RNA-Seq تولید شده بودند...

full text

My Resources

Save resource for easier access later


Journal title:
مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام

جلد ۲۱، شماره ۲، صفحات ۹۲-۱۰۲

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023